Chùa cổ Vĩnh Nghiêm nằm tại ngã ba Phượng Nhỡn (mắt phượng)-nơi gặp gỡ của hai sông lớn (sông Thương và Lục Nam) chở nặng phù sa cho vùng châu thổ rồi hợp ra biển. Ta nhìn về phía bên kia sông, trông thấy rất rõ đền Kiếp Bạc-nơi phủ đệ của Hưng Đạo Đại Vương Trần Quốc Tuấn, thấy dãy núi cao nằm kề, đó là nơi nhà thơ, nhà chính trị, nhà quân sự lỗi lạc Nguyễn Trãi về mai danh ẩn tích (núi Côn Sơn), xa hơn chút nữa là danh lam thắng tích Yên Tử, nơi được coi là vùng đất thiêng của thiền phái Trúc Lâm.

Ta liếc qua ý nghĩa của việc chọn Đức La lập chùa Vĩnh Nghiêm, thấy ngay thế ứng xử khéo léo của Phật giáo. Phật tử, Tăng Ni và dân quanh vùng đều kể: Sau chiến thắng chống quân Nguyên Mông, Trần Nhân Tông - vị vua anh hùng của cuộc kháng chiến này đã đi du ngoạn khắp nơi, ngắm nhìn giang san, gấm vóc của tiên tổ và chọn đất dựng chùa xây tháp. Một hôm, người tới Đức La, con ngựa chiến cùng người xông pha tên đạn bỗng nhiên lồng lên dẫm nát cả hoa màu, người đã dùng đủ mọi cách để bắt nó dừng lại nhưng không được. Thấy vậy dân làng kéo ra sụp lạy nó mới chịu dừng, người bèn hỏi dân làng, mọi người cho biết: Đây là đất "Con quy ẩm thực" (tức là rùa - thần Kim Quy), biết là đất thiêng, người bèn cho dựng lên ở đây ngôi chùa lớn đặt là Vĩnh Nghiêm. Từ đó Vĩnh Nghiêm tự đã trở thành trung tâm Phật giáo nổi tiếng dưới thời Trần ở Kinh Bắc. Vị trí này khiến cho Vĩnh Nghiêm tự trở thành trạm dừng chân cho khách hành hương trước khi vượt sông, leo núi về đất thánh của thiền phái Trúc Lâm trên núi Yên Tử. Tầm quan trọng của chùa Vĩnh Nghiêm đời Trần đã phần nào được thể hiện trong câu ca:

Ai đi Yên Tử Quỳnh Lâm

Vĩnh Nghiêm chưa đến thiền tâm chưa đành

Sách Thiền uyển tập anh cho hay: Vào năm Hưng Long thứ 21 (1313), đại sư Pháp Loa đã về Vĩnh Nghiêm trụ trì để định các Tăng đồ trong toàn quốc, đánh dấu việc thống nhất chặt chẽ trong toàn quốc của Phật giáo. Sau đó theo thư tịch, cứ ba năm nhà Trần lại định chức các Tăng đồ một lần. Vai trò quan yếu đầu tiên của chùa chính là trung tâm đào luyện các Tăng Ni và ban hành các pháp chế của Phật giáo trong toàn quốc.

Chùa Vĩnh Nghiêm còn có ý nghĩa mà nhiều người cho là quan trọng đối với lịch sử riêng của Phật giáo Việt Nam, là nơi gặp gỡ của 3 nhân vật sáng lập ra thiền phái Trúc Lâm - dòng thiền rất thịnh hành ở Việt Nam mà lịch sử vẫn quen gọi "Trúc Lâm tam tổ". Ba vị tổ sáng lập ra thiền phái này là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang. Thư tịch cho biết trạng nguyên Huyền Quang một hôm theo vua đến huyện Phượng Nhỡn, vào chùa Vĩnh Nghiêm nghe Pháp Loa giảng kinh, bèn dâng biểu xin vua cho xuất gia tu đạo. Những soạn giả của Phật giáo Việt Nam đã gọi "Trúc Lâm tam tổ" là "Những bậc giáo hoàng thời ấy, ngoài sự đắc đạo tu hành, thuyết pháp độ sinh, các ngài còn được đặt quyền cầm sổ Tăng tịch trong nước, thống lãnh hết thảy Tăng đồ."

Chùa Vĩnh Nghiêm có kiến trúc bề thế, khuôn viên chùa rộng và đẹp gồm: Tam quan, Tam bảo, nhà tổ đệ nhất, nhà tổ đệ nhị, gác chuông, khách đường, tả hữu hành lang, vườn tháp... tất cả được bố trí hài hòa theo bố cục kiến trúc ''Nội vương, ngoại quốc”. Ngoài những giá trị kiến trúc nghệ thuật, chùa Vĩnh Nghiêm còn được xem như bảo tàng văn hóa Phật giáo Đại thừa khá tiêu biểu ở miền Bắc Việt Nam, chùa còn lưu giữ được nhiều di vật, cổ vật quý như: Hệ thống tượng thờ, đồ thờ, các bức phù điêu, trạm khắc, hệ thống văn bia, hoa văn trên kiến trúc... Chính vì nơi đào luyện Tăng đồ nên Vĩnh Nghiêm tự còn là nơi tàng trữ nhiều bộ ván kinh quý giá. Đặc biệt còn kho mộc thư với những bộ ván in kinh như: Hoa Nghiêm sớ, Di-đà sớ, Yên Tử nhật trình, Bản nguyện chân kinh, Tỳ khâu Ni giới kinh, Khai Thánh chân kinh, Tịnh độ sách nguyện, Thần du phương ký… Chùa còn giữ được 34 đầu sách với hơn 3.000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt 2 trang sách khắc ngược bằng chữ Hán Nôm gồm: Sách thuốc, giới luật nhà Phật. Đó là một trong những di sản văn hóa đặc biệt quý giá ở Vĩnh Nghiêm mà hiếm nơi nào trên đất nước ta còn lưu giữ được.

Chùa Vĩnh Nghiêm còn tấm bia đá cổ 6 mặt đặt trên bệ sen, thân bia cao 1,18m, mỗi mặt rộng 0,32m, 5 mặt được chạm rồng chầu mặt nguyệt ''Lưỡng long chầu nguyệt”. Bia dựng năm Hoằng Định 1606, nội dung bia ghi lại việc trùng tu chùa năm đó.

Lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm diễn ra vào ngày 14 tháng 2 âm lịch hằng năm, đây là một trong những lễ hội lớn trong vùng Kinh Bắc xưa và Bắc Giang nay. Đông đảo nhân dân trong vùng và khách hành hương xa gần biết đến về đây trẩy hội, trong khói hương nghi ngút, mọi người tỏ lòng thành kính, hướng về cái thiện, cầu mong an lạc, mọi sự tốt lành đến với bản thân và gia đình. Hơn 700 năm đã trôi qua kể từ ngày khởi tạo đến nay, chùa Vĩnh Nghiêm vẫn là trung tâm Phật giáo lớn, công trình kiến trúc đẹp và độc đáo, là điểm đến của nhiều đoàn khách hành hương trong và ngoài nước về với chốn tổ Vĩnh Nghiêm.